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不動産売却にかかる税金と特別控除(譲渡所得・3,000万円控除)の基礎

2026年9月4日

コラム投稿元 賃貸管理ナビ運営チーム

不動産を売却して利益が出た場合、その利益(譲渡所得)に対して税金がかかります。売却価格がそのまま手元に残るわけではなく、税金や諸費用を差し引いた金額が実際の手取りになります。売却を検討する際は、こうした税金の仕組みを理解し、使える特別控除がないかを確認しておくことが大切です。この記事では、不動産売却にかかる税金と代表的な特別控除の基礎を整理します。なお、税額の計算や控除の適用可否は個々の事情で異なるため、必ず税理士など専門家にご確認ください。

売却益(譲渡所得)にかかる税金

不動産を売却して得られる利益は「譲渡所得」と呼ばれ、所得税・復興特別所得税・住民税の課税対象になります。譲渡所得は、単純な売却価格ではなく、次のように計算します。

譲渡所得 = 売却価格 −(取得費 + 譲渡費用)

  • 取得費:購入時の代金や購入時の諸費用など。建物は減価償却分を差し引いて計算します。購入時の資料が残っていない場合は、売却価格の一定割合を概算取得費とする方法もあります。
  • 譲渡費用:売却時に支払った仲介手数料、印紙税、測量費など。

この計算の結果、利益が出ていなければ譲渡所得税はかかりません。売却価格から税金や費用を差し引いた手取りを把握するには、まず取得費を正しく確認することが出発点になります。

所有期間で税率が変わる

譲渡所得の税率は、その不動産を売却した年の1月1日時点で、所有期間が5年を超えるか否かで大きく変わります。

区分 所有期間の目安 税率(所得税・復興特別所得税・住民税の合計)
長期譲渡所得 5年超 一般に約20.315%
短期譲渡所得 5年以下 一般に約39.63%

このように、短期での売却は税率が高くなります。所有期間の判定は「売却した年の1月1日時点」で行われる点に注意が必要で、取得時期によっては数か月の違いで税率が変わることもあります。売却のタイミングを検討する際の重要なポイントです。

マイホーム売却の3,000万円特別控除

自分が住んでいた居住用財産(マイホーム)を売却した場合、一定の要件を満たすと、譲渡所得から最高3,000万円を控除できる特例があります。この控除を使うと、譲渡所得が3,000万円以内であれば税金がかからないケースもあります。

ただし、この特例は「自分が居住していた家屋やその敷地」を対象とするもので、賃貸に出していた投資用物件には原則として適用されません。また、住まなくなってから一定期間内に売却することなど、細かな要件があります。適用を受けるには確定申告が必要です。

このほか、居住用財産の売却には、所有期間が10年を超える場合の軽減税率の特例など、複数の制度が設けられています。要件は複雑なため、自分のケースで使える制度があるかは専門家に確認することをおすすめします。

賃貸物件・投資用物件を売却する場合

賃貸物件や投資用不動産を売却する場合は、マイホームの3,000万円特別控除は基本的に使えません。建物部分は保有期間中に減価償却が行われているため、取得費が目減りし、その分譲渡所得が大きくなりやすい点にも注意が必要です。

入居者がいる状態で売却する「オーナーチェンジ」では、家賃収入や利回りが売却価格に影響します。売却価格の相場観をつかむには、複数社の査定を比較することが有効です。査定サービスの使い方は 不動産を売却する時の一括査定の使い方と注意点 で解説しています。

売却で損失が出た場合と確定申告

売却によって利益(譲渡所得)が出た場合は、売却した翌年に確定申告を行い、納税する必要があります。一方、売却価格が取得費などを下回り損失が出た場合は、譲渡所得税はかかりません。マイホームの売却で一定の要件を満たすときは、その損失を他の所得と相殺(損益通算)したり、控除しきれない分を翌年以降に繰り越したりできる特例が設けられている場合もあります。ただし、賃貸・投資用物件の売却損は、こうしたマイホーム向けの特例の対象外となるのが原則です。損失が出たケースでも、特例が使えるかどうかで手続きが変わるため、確認しておくとよいでしょう。

売却前に確認しておきたいこと

売却にあたっては、税金だけでなく手続きや諸費用も含めて全体像を把握しておくとスムーズです。

  • 購入時の売買契約書など、取得費が分かる資料を探しておく
  • 所有期間が5年を超えているか(税率に影響)を確認する
  • 使える特別控除や特例がないかを事前に調べる
  • 売却益が出る場合は確定申告が必要になることを想定しておく

売却の全体的な流れや期間、諸費用については マンション・戸建て売却の流れ|期間・諸費用・準備 もあわせてご確認ください。

まとめ

不動産売却にかかる税金は、譲渡所得に対して課され、所有期間が5年を超えるかどうかで税率が大きく変わります。マイホームであれば3,000万円特別控除などの制度を使える場合がありますが、賃貸・投資用物件には適用されないのが原則です。税額は取得費や特例の適用状況で変わるため、断定せず、売却前に資料を整え、税理士など専門家に相談しながら計画的に進めることが、納得のいく売却につながります。

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